Stacja Naukowa Polskiej Akademii Nauk w Wiedniu rozpoczęła działalność 25 stycznia 1991 r. Na otwarciu placówki obecni byli przedstawiciele świata nauki i polityki Polski oraz Austrii. Celem Stacji jest inicjowanie różnorodnych form aktywności zmierzających do kontynuacji wielowiekowej tradycji polsko- austriackiej współpracy naukowej oraz inspirowanie nowych projektów, których celem jest pogłębianie wzajemnych kontaktów.
Otwarcie Stacji było poprzedzone trwającymi dziesięć lat staraniami formalno-prawnymi oraz obszernymi pracami remontowymi i modernizacyjnymi w budynku głównym i w oficynie. Nieruchomość przy ulicy Boerhaavegasse 25, gdzie obecnie mieści się Stacja Naukowa PAN, od 1908 roku powiązana jest z historią Polaków mieszkających w Wiedniu.
Kamienica z oficyną została kupiona w 1908 r. przez Polskie Towarzystwo Szkoły Ludowej w Wiedniu. Fakt ten upamiętnia tablica z godłem Polski umieszczona w holu wjazdowym. Zgodnie z intencją ks. Juliana Łukaszkiewicza, polskiego patrioty i społecznika żyjącego w Wiedniu na początku XX wieku i przy wsparciu finansowym mieszkającej w Wiedniu baronowej Heleny Ziemiałkowskiej, nieruchomość miała służyc wiedeńskiej Polonii. W budynku, nazwanym Domem Polskim, znalazły siedzibę polskie placówki oświatowe, biblioteka, czytelnia, a dla uczącej się w Wiedniu młodzieży polskiej były tu także miejsca noclegowe. W ten sposób Dom Polski w Wiedniu od początku swej działalności miał związek z nauką. Ważnym punktem w historii budynku była
I wojna światowa, podczas której opiekowano się tu uciekinierami z Galicji. W 1917 r. Polskie Towarzystwo Szkoły Ludowej przekształciło się w Fundację Dom Polski, a ks. Julian Łukasiewicz został wybrany jej pierwszym prezesem.
Od 1931 roku Kuratorium Fundacji przewodniczył urzędujący Ambasador Polski w Wiedniu. Działalność Fundacji została przerwana po przyłączeniu Austrii do Trzeciej Rzeszy w 1938 r. Po II wojnie światowej Fundacja Dom Polski została reaktywowana, jednak narastające trudności finansowe doprowadziły w grudniu 1980 r. do rozwiązania Fundacji i przekazania jej mienia na rzecz Polskiej Akademii Nauk. Nieruchomość przejęta przez PAN była zaniedbana, w złym stanie technicznym, mieszkania były zajęte przez lokatorów.
Biorąc pod uwagę wyjątkową tradycję patriotyczną, z jaką wiąże się historia budynków przy Boerhaavegasse 25 oraz sentyment jakim wiedeńska Polonia darzy to miejsce, Polska Akademia Nauk zdecydowała się uzachować nieruchomość w dotychczasowym kształcie, mimo wysokich kosztów remontu i modernizacji.
W styczniu 1991 roku, po zakończeniu prac remontowych i modernizacyjnych w budynku oficyny, rozpoczęła pracę Stacja Naukowa Polskiej Akademii Nauk w Wiedniu.
Część przebudowanych, odrestaurowanych i wyposażonych pokoi Stacja oddała do dyspozycji organizacji polonijnych, takich jak Związek Polaków w Austrii „Strzecha” oraz Wspólnota Polskich Organizacji w Austrii „Forum Polonii”. Zakończenie remontu i modernizacji budynku głównego w 1997 r. umożliwiło stworzenie nowych warunków działalności Stacji. Tym samym powstała możliwość rozszerzenia sięgających czasów średniowiecza kontaktów naukowych między Polską i Austrią.
